舟山市第三人民医院成立于1994年底，2009年5月12日，成为新组建的舟山医院城南院区。是集医疗、保健、科研为一体的三级乙等妇幼保健院，是全市的妇幼保健中心。

医院在编职工495名、卫技人员438名，其中高中级职称专业技术人员占62.55%。医院分临床、保健二大部分，设有10个病区，开放床位300张，开设医师专科门诊60多个。2007年门急诊57.68万人次，住院1.2万人次。医院拥有16排螺旋CT、数字胃肠机、医院胎心监护系统、腹腔镜、宫腔镜、汽化电切镜等十万元以上的大型仪器设备106台。

在“三个代表”重要思想指导下，医院本着为海岛群众带进专业技术、便捷服务的工作宗旨，坚持走技术创新之路，陆续设立了一些特色中心，有乳腺疾病防治中心、产前诊断中心、新生儿疾病筛查中心以及与上海、杭州等地大医院合作的针推康复中心、介入治疗中心、皮肤病防治中心等。开展亚健康体检、婴儿游泳、婴儿抚触等特色服务。

医院成立来，先后获得国家级爱婴医院、2005年获妇幼卫生领域最高奖——杨崇瑞妇幼卫生基金奖、“三八”红旗集体、2007年被卫生部评为卫生系统专业集体、“明明白白看病”百姓放心医院、省产科质量优胜单位、省98’服务质量信得过单位、省99’公众形象优秀医疗场所、省优生优育工作专业单位、市级文明单位、市重才爱才专业单位等。院儿科被国家卫生部、妇联命名为卫生系统护理专业“巾帼文明岗”，院妇科被妇联命名为“巾帼文明示范岗”，院药剂科被团省委命名为“青年文明号”服务窗口，市新生儿疾病筛查中心被省中心评为专业集体。